จากพระราชบัญญัติการศึกษาแห่งชาติ (ฉบับที่ 4) พ.ศ. 2562 และกฎกระทรวงว่าด้วยระบบหลักเกณฑ์และวิธีการประกันคุณภาพการศึกษา พ.ศ. 2561 ที่กำหนดให้มหาวิทยาลัยทุกแห่งมีระบบการประกันคุณภาพภายในและให้ถือว่าการประกันคุณภาพภายในเป็นส่วนหนึ่งของกระบวนการบริหารการศึกษาที่ต้องดำเนินการอย่างต่อเนื่อง

         การประกันคุณภาพการศึกษาภายในของคณะวิทยาศาสตร์  ดำเนินการผ่านโครงการเยี่ยมสำรวจภาควิชาและหลักสูตร ตั้งแต่ปี พ.ศ.2548 จากระบบ MUQD (Mahidol University Quality Development) ในปี2555 ปรับระบบคุณภาพมหาวิทยาลัยมหิดล (MUQD) เข้าสู่เกณฑ์การพัฒนาคุณภาพการศึกษาสู่ความเป็นเลิศ (EdPEx : Education Criteria for Performance Excellence)และในปี 2557 ได้นำเกณฑ์ประกันคุณภาพการศึกษาระดับหลักสูตรตามเกณฑ์ AUN-QAมาใช้สำหรับระดับหลักสูตร โดยภาควิชา/หลักสูตร จัดทำเล่มรายงานการประเมินตนเอง (SAR) ซึ่งประกอบไปด้วย 4 ส่วน ได้แก่

ส่วนที่ 1  การประเมินตนเองตามเกณฑ์ EdPEx

ส่วนที่ 2  การประเมินตนเองของหลักสูตร ตามเกณฑ์ สกอ.

                (ตัวบ่งชี้ที่ 1.1 การบริหารจัดการหลักสูตรตามเกณฑ์มาตรฐานหลักสูตรที่กำหนดโดยสำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษา)

ส่วนที่ 3  การประเมินตนเองของหลักสูตร ตามเกณฑ์ AUN-QA

ส่วนที่ 4  ผลการประเมินปีที่ผ่านมา และการพัฒนาปรับปรุง