วันที่ 30 กันยายน พ.ศ. 2564 หลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาวิทยาศาสตร์ชีวการแพทย์ (หลักสูตรนานาชาติ) หลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาวัสดุศาสตร์และวิศวกรรมนาโน (หลักสูตรนานาชาติ) และหลักสูตรวิทยาศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาวิทยาศาสตร์และวิศวกรรมวัสดุ (หลักสูตรนานาชาติ) คณะวิทยาศาสตร์ รับการตรวจประเมินคุณภาพการศึกษาระดับหลักสูตรตามเกณฑ์ AUN-QA มหาวิทยาลัยมหิดล รูปแบบ 3.0 (MU AUN-QA Assessment 3.0) จากคณะกรรมการตรวจประเมินของมหาวิทยาลัย 

               ก่อนนำเสนอผลการตรวจประเมินด้วยวาจาในวันศุกร์ที่ 1 ตุลาคม พ.ศ. 2564 ซึ่งในครั้งนี้เป็นการตรวจประเมินในรูปแบบ Online MU AUN-QA Assessment ผ่านโปรแกรม Cisco Webex Meetings ทั้งกระบวนการ โดยในปีงบประมาณ พ.ศ.2564 คณะวิทยาศาสตร์ได้รับการตรวจประเมินคุณภาพการศึกษาระดับหลักสูตรตามเกณฑ์ AUN-QA มหาวิทยาลัยมหิดล ครบทุกหลักสูตร (ไม่รวมหลักสูตรเปิดใหม่และหลักสูตรที่อยู่ระหว่างการขอปิด) จำนวน 45 หลักสูตร ประกอบด้วย ระดับปริญญาตรี จำนวน 12 หลักสูตร ระดับปริญญาโท จำนวน 17 หลักสูตร และระดับปริญญาเอก จำนวน 16 หลักสูตร