จากพระราชบัญญัติการศึกษาแห่งชาติ (ฉบับที่ 4) พ.ศ. 2562 และกฎกระทรวงว่าด้วยระบบหลักเกณฑ์และวิธีการประกันคุณภาพการศึกษา พ.ศ. 2561 ที่กำหนดให้มหาวิทยาลัยทุกแห่งมีระบบการประกันคุณภาพภายในและให้ถือว่าการประกันคุณภาพภายในเป็นส่วนหนึ่งของกระบวนการบริหารการศึกษาที่ต้องดำเนินการอย่างต่อเนื่อง
การประกันคุณภาพการศึกษาภายในของคณะวิทยาศาสตร์ ดำเนินการผ่านโครงการเยี่ยมสำรวจภาควิชาและหลักสูตร ตั้งแต่ปี พ.ศ.2548 จากระบบ MUQD (Mahidol University Quality Development) ในปี2555 ปรับระบบคุณภาพมหาวิทยาลัยมหิดล (MUQD) เข้าสู่เกณฑ์การพัฒนาคุณภาพการศึกษาสู่ความเป็นเลิศ (EdPEx : Education Criteria for Performance Excellence)และในปี 2557 ได้นำเกณฑ์ประกันคุณภาพการศึกษาระดับหลักสูตรตามเกณฑ์ AUN-QAมาใช้สำหรับระดับหลักสูตร โดยภาควิชา/หลักสูตร จัดทำเล่มรายงานการประเมินตนเอง (SAR) ซึ่งประกอบไปด้วย 4 ส่วน ได้แก่
ส่วนที่ 1 การประเมินตนเองตามเกณฑ์ EdPEx
ส่วนที่ 2 การประเมินตนเองของหลักสูตร ตามเกณฑ์ สกอ.
(ตัวบ่งชี้ที่ 1.1 การบริหารจัดการหลักสูตรตามเกณฑ์มาตรฐานหลักสูตรที่กำหนดโดยสำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษา)
ส่วนที่ 3 การประเมินตนเองของหลักสูตร ตามเกณฑ์ AUN-QA
ส่วนที่ 4 ผลการประเมินปีที่ผ่านมา และการพัฒนาปรับปรุง
ซึ่งคุณสมบัติของคณะกรรมการเยี่ยมสำรวจฯ ประกอบด้วย
คณะกรรมการเยี่ยมสำรวจภาควิชาและหลักสูตร จะต้องเป็นผู้ผ่านการอบรมผู้ตรวจประเมินตามเกณฑ์ EdPEx และ/หรือ เกณฑ์ AUN-QA
คุณสมบัติของประธานกรรมการเยี่ยมสำรวจฯ จะต้องเป็นผู้ผ่านการอบรมหลักสูตรผู้ตรวจประเมิน (Accessor) ทั้ง EdPEx และ AUN-QA หรือ ผ่านการอบรมอย่างใดอย่างหนึ่ง แต่ดำรงตำแหน่งในระดับผู้บริหาร (รองคณบดี ผู้ช่วยคณบดี หัวหน้าภาควิชา)