การประกันคุณภาพการศึกษาภายในของคณะวิทยาศาสตร์  ดำเนินการผ่านโครงการเยี่ยมสำรวจภาควิชาและหลักสูตร ตั้งแต่ปี พ.ศ.2548 จากระบบ MUQD (Mahidol University Quality Development) ในปี2555 ปรับระบบคุณภาพมหาวิทยาลัยมหิดล (MUQD) เข้าสู่เกณฑ์การพัฒนาคุณภาพการศึกษาสู่ความเป็นเลิศ (EdPEx : Education Criteria for Performance Excellence)และในปี 2557 ได้นำเกณฑ์ประกันคุณภาพการศึกษาระดับหลักสูตรตามเกณฑ์ AUN-QAมาใช้สำหรับระดับหลักสูตร โดยภาควิชา/หลักสูตร จัดทำเล่มรายงานการประเมินตนเอง (SAR) ซึ่งประกอบไปด้วย 4 ส่วน ได้แก่

ส่วนที่ 1  การประเมินตนเองตามเกณฑ์ EdPEx

ส่วนที่ 2  การประเมินตนเองของหลักสูตร ตามเกณฑ์ สกอ.

                    (ตัวบ่งชี้ที่ 1.1 การบริหารจัดการหลักสูตรตามเกณฑ์มาตรฐานหลักสูตรที่กำหนดโดยสำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษา)

ส่วนที่ 3  การประเมินตนเองของหลักสูตร ตามเกณฑ์ AUN-QA

ส่วนที่ 4  ผลการประเมินปีที่ผ่านมา และการพัฒนาปรับปรุง

ซึ่งคุณสมบัติของคณะกรรมการเยี่ยมสำรวจฯ ประกอบด้วย

1. คณะกรรมการเยี่ยมสำรวจภาควิชาและหลักสูตร จะต้องเป็นผู้ผ่านการอบรมผู้ตรวจประเมินตามเกณฑ์ EdPEx และ/หรือ เกณฑ์ AUN-QA

2. คุณสมบัติของประธานกรรมการเยี่ยมสำรวจฯ จะต้อง

   • เป็นผู้ผ่านการอบรมหลักสูตรผู้ตรวจประเมิน (Accessor) ทั้ง EdPEx และ AUN-QA หรือ

   • ผ่านการอบรมอย่างใดอย่างหนึ่ง แต่ดำรงตำแหน่งในระดับผู้บริหาร (รองคณบดี ผู้ช่วยคณบดี หัวหน้าภาควิชา)